本中心的管理，根據教育部《高等學校實驗室工作規程》和《濟南大學實驗室工作規程》相關規定進行。為加強實驗室運行管理工作，構建實驗室運行保障體系，有效防范和遏制各類實驗室安全事故發生，保證實驗教學及科學研究工作安全進行。本中心實行校院兩級管理體制下的中心主任負責制，學校任命中心主任1人，在學校和學院領導下，中心主任全面負責中心建設管理工作和實驗教學工作，負責制定中心整體發展規劃和階段性的建設目標，負責組織申報實驗室建設項目。學校提供正常運轉、維修及更新改造經費。

實驗教學中心設立學術委員會，由省內外知名專家學者5人組成，負責指導中心的發展和建設。中心設立實驗教學指導委員會，由中心聘請教學、科研及工程經驗豐富的教授、副教授及企業高級工程技術人員等擔任成員。實驗教學中心設主任1人、副主任5人，中心下設16個實驗教學組，開展經常性的虛擬仿真實驗教學研討活動，交流教學經驗，探討教學中的問題和不足，加強課程建設、教材建設和實踐基地建設。

本實驗中心除了為全校實驗教學、創新實驗、課程設計、畢業論文和畢業設計等正常的虛擬仿真實驗教學外，所屬的儀器設備、軟件還為大學生課外科技活動、國家與省化學實驗競賽、國家與省化工設計大賽、大學生挑戰杯、創新創業活動等，面向校內外全面開放。